La Casa de Contratación de Sevilla fue creada por los Reyes Católicos en 1503 para administrar y controlar todo el tráfico con las Indias al declararlas mercado reservado de Castilla. Nadie podía ir al continente americano ni fletar ningún barco para las Indias sin pasar por la Casa de Contratación, y toda mercancía procedente del Nuevo Mundo debía pasar por el control de esa institución y pagar allí el impuesto. ¿Sólo eso? No, hay mucho más. Además del control comercial y fiscal, se formaban pilotos y se elaboraban cartas y tratados de navegación; allí impartían su cátedra los más célebres especialistas de la época sobre instrumentos náuticos, cosmografía, navegación y cartografía; se llevaba un archivo (origen del futuro Archivo General de Indias) con todos los informes que elaboraban los marinos en sus expediciones (el medio natural, las gentes, sus costumbres y lenguas)… Aquella institución se convirtió en uno de los más notables centros docentes y de investigación náutica de Europa durante los siglos XVI y XVII. El Silicon Valley de la época y el Puerto y Puerta de las Indias.

Y además de todo esto (al igual que los móviles también se pueden utilizar para llamar), la Casa fue la encargada de organizar el tráfico mercantil con las Indias. Hasta 1522 la navegación se realizaba en barcos aislados y sin protección, con absoluta libertad de ruta y fechas. Lo que viene siendo una perita en dulce para los cada vez más numerosos piratas, corsarios y filibusteros. Así que, se promulgaron medidas por las que se impuso la navegación «en conserva», esto es, reunidos los barcos en un convoy y escoltados por buques de guerra. Y como la seguridad y la protección tienen un precio, los costes de fletar y armar cada uno de los buques de escolta los pagarían los propios mercantes mediante una tasa conocida como «Avería». El impuesto de Avería en un principio representaba el 2,5% del valor de las mercancías transportadas, pero llegó a incrementarse en algunos momentos hasta un 30%.

A mediados del XVI, y abundando en el tema de la seguridad, se establecieron dos únicas flotas al año: la primera en el mes de marzo y la segunda en septiembre. Las embarcaciones descendían por el Guadalquivir hasta Sanlúcar de Barrameda, en donde se concentraban, y una vez registrada su carga y pasaje, se unían a los barcos de guerra y emprendían la travesía del Atlántico (con una escala en las Canarias).Una vez en el Caribe cada mercante debía desplazarse hasta el puerto respectivo de destino; entretanto, los buques de guerra se dirigirían a La Habana, siendo la base de operaciones desde donde se organizaban las expediciones de castigo a corsarios y filibusteros. Tres meses después, todos los navíos mercantes se reunirían en La Habana y, junto a los buques de escolta, regresaban a Sevilla, único puerto donde los buques mercantes podían descargar.

En los años posteriores fueron dándose retoques constantes a la Flota de Indias hasta 1778, cuando desapareció a consecuencia del Decreto de Libre Comercio promulgado por el rey Carlos III.